Участник Великой Отечественной войны с марта 1942 года. И.М. Манагаров в марте-декабре 1942 года командовал 7-м кавалерийским корпусом в 61-й армии. Участвовал в боях на Брянском и Калининском фронтах.
В декабре 1942 года – марте 1943 года был командующим 41-й армией Калининского фронта, участвовавшей в Ржевско-Вяземской операци. В ходе этой операции с 10 по 15 марта 1943 года 41-я армия под командованием И.М. Манагарова освободила 317 населенных пунктов, в том числе город Белый и районный центр Батурино, захватив при этом 244 танка и много другой техники и вооружения. Немцы потеряли здесь убитыми 3800 и ранеными около 5000 человек.